Er is sprake van significante effecten (of een significant negatief effect) als ten gevolge van een activiteit een doelstelling in een Natura 2000-gebied niet zal worden gehaald. Het gaat daarbij zowel om beschermde leefomgeving (habitat) als om beschermde planten- en diersoorten. Welke habitats en soorten dat zijn, staat in het aanwijzingsbesluit van het Natura 2000-gebied. Per activiteit zal steeds moeten worden bezien of het behalen of behouden van de doelstellingen in het geding is. Dit vraagt om maatwerk. Vrijwel nooit kan op voorhand worden bepaald of een bepaalde activiteit wel of geen significant effect op de natuurwaarden heeft.