Brengen activiteiten het halen van de natuurdoelen misschien in gevaar? Dan blijven ze vergunningplichtig. In sommige gevallen kan een activiteit worden vrijgesteld van de vergunningplicht, als het gebruik aan bepaalde voorwaarden voldoet. Zo wordt voorkomen dat het halen van de natuurdoelen in gevaar komt. Of een activiteit vergunningplichtig is of niet, bepaalt het daartoe bevoegde gezag in de zin van de Wet natuurbescherming. In dit geval is dat het ministerie van Landbouw, Natuur en Voedselkwaliteit. Dit oordeel vormt het uitgangspunt voor het beheerplan. Redenen om een activiteit via een vergunning volgens de Wet natuurbescherming te (blijven) reguleren zijn:

• omvang, locatie en aard van de activiteit zijn niet goed te overzien tijdens de beheerplanperiode;
• er kunnen grote wijzigingen optreden als gevolg van bijvoorbeeld verplaatsing naar een andere locatie, nieuwe activiteiten, etc.;
• de activiteit staat momenteel ter discussie (bezwaren, beroepen).