Voor bestaande activiteiten die plaatsvonden vóór vaststelling van de Natura 2000 beheerplannen geldt het volgende: in de synopsistabel is per activiteit beschreven aan welke voorwaarden moet worden voldaan en/of welke mitigerende maatregelen moeten worden getroffen. Als een activiteit er niet in staat, dan geldt de reguliere wet- en regelgeving. Voor activiteiten waar al een vergunning voor is verleend, is de vergunning leidend. Op dit moment zijn alleen schietactiviteiten en sonar niet meer toegestaan op het Friese Front en zijn alle andere bestaande activiteiten wel toegestaan, met eventuele voorwaarden.

Voor nieuwe activiteiten die nog geen vergunning hebben, moet altijd bij het bevoegd gezag voor de Wet natuurbescherming (in dit geval het ministerie van Landbouw, Natuur en Volksgezondheid) een aanvraag worden gedaan voor een toets. Dit bevoegd gezag bepaalt dan, op basis van de doelstellingen in de beheerplannen, of een dergelijke toets uitgevoerd moet worden en vervolgens of op basis van die toets een vergunning nodig is.