Sommige deelgebieden in de wateren van het IJsselmeergebied zijn extra gevoelig voor verstoring omdat daar in bepaalde perioden grote hoeveelheden vogels rusten, ruien of overwinteren. Die zogenaamde ‘hot spots’ zijn: het zuidelijk deel van de Gouwzee, de Pampushaven en de Kustzone Muiden. Daarnaast gelden extra beschermende maatregelen voor een deel van het eilandengebied in de IJsseldelta. Al deze maatregelen zijn aanvullingen op de beschermde oeverzones die al eerder onder de Wet natuurbescherming vielen. Onderzoek heeft uitgewezen dat zonder deze maatregelen de natuurdoelen in de desbetreffende Natura 2000-gebieden zeker niet zullen worden gehaald.