Het Natura 2000-gebied Klaverbank is zo’n 1.235 km² groot en ligt op circa 160 km ten noord­westen van Den Helder.

Het Natura 2000-gebied Klaverbank is samen met het Engelse gebied Cleaver Bank onderdeel van een riffengebied. Internationaal gezien is de Klaverbank waardevol vanwege de aanwezigheid van het habitattype ‘riffen van open zee’ en de bijbehorende dier- en plantensoorten. De Klaverbank kenmerkt zich vanwege de abiotiek (niet-levende organismen) en de soorten die alleen op dergelijke riffen leven.

Het Natura 2000-gebied Klaverbank is aangewezen onder de Habitatrichtlijn voor het habitattype H1170 Riffen van open zee en de zeezoogdieren bruinvis, grijze zeehond en gewone zeehond.

Grind en stenen
Het meest onderscheidende kenmerk van de Klaverbank is de diversiteit in bodemsamenstelling. Met name de aanwezigheid van grof grind en stenen afgewisseld met zandbodems en een slibrijke geul. Zo’n 18.000 jaar geleden, aan het einde van de laatste ijstijd (het Weischelien) is de Klaverbank ontstaan. De bank is een restant van afzetting van materiaal dat door landijs werd aangevoerd vanuit Groot-Brittannië. Hierdoor bestaat de ondergrond uit keileem en de bovenste laag uit grof grind en zand. De waterdiepte in het gebied varieert van 30 tot 70 meter.

Riffen en wieren
Vanwege de aanwezigheid van biogene en geogene rifstructuren (habitattype H1170) is de Klaverbank van bijzonder hoge ecologische waarde op de Nederlandse EEZ. De afwisselende bodemsamenstelling van stenen, grind en grof zand in combinatie met helder water en grote variatie in waterdiepte zorgt voor een hoge biodiversiteit, waarbij er voldoende licht tot de bodem kan doordringen voor de groei van onder andere korstvormende kalkroodwieren. Een soort die hier voorkomt is  dodemansduim, een zachte koraalsoort die zeldzaam is in de Noordzee. Dergelijke wieren en koralen trekken verschillende soorten zeedieren aan, zoals zuignapvisjes, stiefelslakken en heremietkreeften.

De Klaverbank is het enige gebied in de Nederlandse Noordzee waar op de bodem flinke hoeveelheden grind aan het oppervlak liggen en waar ook grotere stenen voorkomen die begroeid zijn met kalkroodwieren. Kalkroodwieren zijn zeewieren met een rode of roodpaarse kleur.

De diepte van de Klaverbank is 30 tot 50 meter. Dat maakt dat de bodem alleen bij zeer zwaar weer door de golfwerking wordt beroerd. Het grind is relatief slibarm en het doorzicht is groot. Zo is er op een diepte van veertig meter nog genoeg licht voor de korstvormende kalkroodwieren.

Biodiversiteit
De Klaverbank kent de hoogste biodiversiteit van benthos per oppervlakte-eenheid in het Nederlandse deel van de Noordzee: binnen de EEZ komt 44 procent ervan alleen voor op de Klaverbank. Benthos is een verzamelnaam voor alle organismen die in, op, en net boven de zeebodem leven. Dat zijn kreeftachtigen, borstelwormen, weekdieren en stekelhuidigen, maar ook draadalgen, kiezel­wieren en bacteriën.

Zeezoogdieren
De Klaverbank is van belang om zijn riffen van open zee en is een uitstekend leefgebied voor bruinvissen, grijze zeehonden en gewone zeehonden. De Klaverbank wordt aan de zuidwestkant doorsneden door een zestig meter diepe geul: de Botney Cut. Vooral daar leven in de zomer veel bruinvissen. Ook dwergvinvis en witsnuit­dolfijn komen hier regelmatig.